У 1705 р. в Куп`янську було поставлено дерев`яну церкву свт. Миколая Мирлікийського. У 1852 р. її замінив мурований храм. Звершуючи його освячення, свт. Філарет (Гумілевський), у 1848-1859 рр. правлячий архієрей Харківської єпархії, виголосив у проповіді: “Храм молитвы и благодати готов. Остается, чтобы вы готовы были по каждому зову храма посещать храм для своего освящения благодатию“. У радянський час архітектура храма постраждала, але на зламі XX-XXI ст. була відновлена.